Pour la RATP, puisque le RER a été ajouté après le métro, il a "logiquement récupéré" le nom de la station de métro à laquelle il est accolé.
Gare de Lyon
1 ->
Gare du Nord
4, 5 ->
Pour la SNCF, quand il s'agit d'une gare purement locale, elle peut avoir pris le même nom que la station de métro
Invalides
8, 13 ->
Le problème semble se poser quand il s'agit aussi d'une gare Grandes Lignes, puisque ces gares s'appellent alors "Paris" quelque chose: donc Paris-Nord, Paris-Est, Paris-Montparnasse, Paris-Austerlitz, Paris-Bercy. Evidemment il reste qu'une exception puisque la gare d'Orléans ne s'appelle plus comme ça depuis un moment, Paris-Gare de Lyon, aka la gare de Paris-Lyon, probablement parce que Paris-Lyon tout seul risquerait trop de poser problème.
Ceci dit, le changement de "Gare de Lyon" à "Paris-Gare de Lyon" sur les quais de la
ne remonte qu'à octobre 2008 (voir
>> ici <<)